Взорванный в 1964 году храм восстановили только в 21 веке
В конце XVII века село Преображенское стало резиденцией императора Петра I, который ещё в детстве увлёкся военными играми, вскоре переросшими в практическое обучение полководческому искусству. Пётр проводил здесь учения, манёвры, штурмы крепости, а на Яузе обучался строительству небольших кораблей и плотницкому делу. В 1691 году из потешных войск были сформированы Преображенский и Семёновский пехотные полки, ставшие предтечей русской гвардии и вообще регулярной армии.
На территории двора Преображенского полка находилась сначала полотняная церковь, заменённая позже деревянной. А в 1768 году освящён новый каменный храм Спаса Преображения.
После Октябрьской революции богослужения не прекращались, и в храм Преображения перенесли православные святыни из окрестных закрытых властями церквей. Само здание не разрушили и не перестраивали, в годы Великой Отечественной войны во время авианалётов москвичи укрывались в его подвалах от бомбёжек. Но в шестидесятые годы храм оказался на трассе строящейся линии метрополитена и его решили взорвать, проигнорировав протесты верующих. Взрыв был произведён 18 июля 1964 года.
Инициаторами воссоздания храма Преображения стали церковная община и архитектор-реставратор Игорь Русакомский, проделавший титаническую работу по согласованию проекта с префектурой и метрополитеном, добившийся поддержки Москомнаследия и Москомархитектуры. К 2015 году храм был восстановлен по обмерным чертежам 1883 года и фотографиям XX века. По задумке архитектора, здание установлено на подиум, напоминающий пьедестал, как символ возвращения памяти этого места.