В 2015 году на предприятии прошли мероприятия по оптимизации системы теплофикации, модернизирована осветительная система, на производственных объектах установлены современные экономичные приводы. Возросла энергоэффективность предприятия, в том числе за счет перехода на использование газового топлива. Экономический эффект, полученный в 2015 году благодаря этой программе, превысил 2 млрд рублей.
Важно, что программа повышения эффективности формируется из предложений самих работников МНПЗ. За идеи, которые становятся частью программы, сотрудники предприятия получают премии. Всего в 2015 году на 17 объектах завода успешно выполнено 27 мероприятий.
Улучшение технических и экологических параметров является ключевой целью комплексной модернизации МНПЗ, которую с 2011 года ведет новый собственник завода — «Газпром нефть». Предприятие в 2011-2015 годах уменьшило эмиссию вредных веществ в атмосферу на 36%, общее воздействие МНПЗ на окружающую среду снижено на 50%. В настоящий момент на заводе идет второй этап модернизации.