Впервые село Богородское упоминается в писцовой книге Московского уезда в 1550 году как Алымово. Оно принадлежало одному из воевод Ивана Грозного и насчитывало всего несколько крестьянских дворов.
На протяжении двух столетий Алымово принадлежало то князьям, то государству, то Чудову монастырю. Крестьяне зарабатывали себе на жизнь земледелием, льнопрядением и ткачеством холста, платили хозяевам барщину и оброк. Переименование Алымова в Богородское произошло в конце XVII века, когда на местном погосте возвели деревянную часовню в честь праздника Успения Богородицы.
Первую попытку индустриализации Богородского предпринял в 1704 году немец Иоганн Барфус, который по указу царя Петра I открыл бумажную фабрику, просуществовавшую около 100 лет. После отмены крепостного права крестьяне незамедлительно выкупили земли, вырубили часть леса и стали сдавать участки в аренду дачникам. Впрочем, рантье из них получились неудачливые: деньги либо пропивали в кабаках, либо вкладывали в небольшие предприятия, существовавшие недолго и разорявшиеся. Места эти пользовались популярностью по причине низкой стоимости дачных участков, здесь жили Иван Шишкин, Пётр Чайковский, Александр Бородин, Милий Балакирев, Антон Рубинштейн. В селе открылись ресторан и продовольственные лавки, работал летний театр. В 1902 году Богородское официально стало частью Москвы.
В Богородском сохранилось одно из самых старых трамвайных колец в Москве: с 1890 по 1912 год оно использовалось конкой и до сих пор служит разворотным кольцом для трамваев пяти маршрутов. Местные жители называли эту площадь Богдашкой.